Proteiinitietopankki (PDB) on tiedostomuoto, jota käytetään kolmiulotteisen biologisen tiedon tallentamiseen. PDB-tiedostoja käytetään yleisesti tietojen tallentamiseen proteiineista, nukleiinihapoista ja muista biomolekyyleistä. PDB-tiedostoja voidaan tarkastella useilla tavoilla, mukaan lukien ohjelmistot, kuten PyMOL ja VMD. Windows 11:ssä voit avata PDB-tiedoston siirtymällä File Exploreriin, napsauttamalla Näytä-välilehteä ja valitsemalla sitten vaihtoehdon näyttää piilotetut tiedostot ja kansiot. Kun olet tehnyt tämän, sinun pitäisi pystyä paikantamaan PDB-tiedosto, jota haluat tarkastella. PDB-tiedostot ovat tärkeä työkalu biomolekyylien parissa työskenteleville tutkijoille, koska ne mahdollistavat tietojen visualisoinnin ja analysoinnin kolmessa ulottuvuudessa. PDB-tiedostojen avaamisen ja katselun ymmärtäminen on siis tärkeä taito kaikille bioinformatiikan tai laskennallisen biologian parissa työskenteleville.
Protein Data Bank (PDB) -tiedostot ovat kolmiulotteisia molekyylitiedostoja, jotka tallentavat molekyylirakenteita. Nyt, jos mietit kuinka avata tällaiset tiedostot tietokoneella, tämä viesti kiinnostaa sinua. Täällä keskustelemme PDB-tiedostoista yksityiskohtaisesti ja kuinka tarkastella tällaisia tiedostoja Windows 11/10:ssä. Joten ilman pitkiä puheita, katsotaan se!
Mikä on Protein Data Bank (PDB) -tiedosto?
Proteiinitietopankki (PDB) on tietokanta 3D-rakennetiedoista proteiineille, nukleiinihapoille ja muille suurille molekyyleille. Tiedosto osoitteesta BKT Tiedostotunniste on pohjimmiltaan tiedosto, joka sisältää 3D-biologisen molekyylin rakenteeseen liittyviä tietoja. Tiedot sisältävät atomikoordinaatit, atomirakenteet, atomiyhteydet, proteiinin rakenteen, nukleiinihapporakenteen ja paljon muuta. Se sisältää myös kokeellisia metatietoja.
Tätä tiedostomuotoa käytetään laajalti bioinformatiikassa proteiinien koordinaattien vaihtamiseen. Se sisältää tuhansia rivejä, jotka kuvaavat proteiinin rakennetta. Nyt, jos haluat lukea tai tarkastella PDB-tiedostoja Windows-tietokoneella, sinun on käytettävä erityistä kolmannen osapuolen työkalua, koska siihen ei ole alkuperäistä sovellusta. Tässä viestissä keskustelemme erilaisista tavoista tarkastella PDB-tiedostoa Windows 11/10:ssä.
Kuinka tarkastella Protein Data Bank (PDB) -tiedostoa Windows 11:ssä?
On kaksi tapaa tarkastella Protein Data Bank (PDB) -tiedostoa Windows 11/10:ssä:
- Käytä ilmaista ohjelmistoa tarkastellaksesi PDB-tiedostoja.
- Kokeile ilmaista verkkotyökalua PDB-tiedostojen lukemiseen.
1] Käytä ilmaista ohjelmistoa tarkastellaksesi PDB-tiedostoja.
Voit käyttää kolmannen osapuolen Windows-ohjelmistoa, jonka avulla voit avata ja tarkastella PDB-tiedostoja. Windowsille on saatavilla useita ilmaisia työpöytäsovelluksia, joita voit kokeilla. Tässä on joitain hyviä, joita voit käyttää:
- IQmol
- Swiss-PdbViewer
- Cumol
- Molekyyli
- RasMol
A] IKmol
IQmol on ilmainen ja avoimen lähdekoodin molekyylieditori ja visualisointiohjelmisto Windows 11/10:lle. Sen avulla voit tarkastella PDB:tä sekä monia muita 3D-molekyylitiedostoja, kuten MOL, SMI, CUBE, XYZ jne. Tästä ohjelmistosta löydät kaikki tärkeät molekyylien visualisointityökalut. Nämä työkalut vaihtelevat perus- ja edistyksellisistä työkaluista. PDB-tiedoston katselun lisäksi voit myös muokata molekyylirakennetta.
Sen avulla voit avata useita PDB-tiedostoja samanaikaisesti ja tarkastella niitä kaikkia samanaikaisesti. Mallinäkymä-paneelissa voit ottaa käyttöön tai poistaa käytöstä yhden tai useamman PDB-tiedoston renderöinnin.
IQmolin tärkeimmät ominaisuudet:
Tämän ilmaisen ja avoimen lähdekoodin PDB-tiedostojen katseluohjelman ominaisuudet, joita voit tarkastella, ovat:
- Löydät kaikki tavalliset tiedostojen selaustyökalut, mukaan lukien lähentäminen/loitonna (hiiren rullalla), panorointi, kierto, koko näyttö, nollausnäkymä, akselien näyttäminen jne.
- Sen avulla voit muokata mallin ulkonäköä muokkaamalla parametreja, kuten varjostajaa, ympäristön valoa, diffuusiota, sumun voimakkuutta, kohokohtia, kohinan voimakkuutta, POV-Ray-parametreja jne.
- Voit myös lisätä atomitunnisteita, kuten atomin massa, osavaraus, NMR, spin-tiheys jne.
- Näin voit mukauttaa kameran asetuksia haluamallasi tavalla. Voit säätää kameran projektiota, sijaintia jne.
- on kätevä Automaattinen kierto toiminto, jonka avulla voit automaattisesti kiertää molekyylimallia.
- Voit tallentaa nykyisen proteiinirakenteen esityksen kuvamuodossa, kuten PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS jne.
- Sen avulla voit myös muuntaa PDB:n muiksi molekyylitiedostoiksi 'Tallenna nimellä' -ominaisuuden avulla. Tuetut tulostusmuodot: XYZ, MOL, MOL2, CML jne.
- Voit myös käyttää sitä Laskeminen funktiot laskemiseen molekyylirakenteen energia, voimat, PES-skannaus, siirtymätila, kemialliset siirtymät, geometria, hajoamisenergia, BSSE-korjaus, ja niin edelleen.
Katselutoimintojen lisäksi saat erityisen Build-valikon, jossa on joukko molekyylirakennetoimintoja. Näitä ominaisuuksia ovat uusien atomien lisääminen, uusien molekyylien lisääminen, rakenteen minimoiminen, isotooppien asettaminen ja paljon muuta.
Tämä on todella hyvä molekyylimallinnusohjelmisto, jolla voit visualisoida Protein Data Bank -tiedostoja tietokoneellasi. Jos pidät siitä, lataa täältä .
Katso: Chem4Word on Microsoft Wordin kemian apuohjelma. .
B] Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer on erityinen ilmainen PDB-tiedostojen katseluohjelma Windows 11/10:lle. Sen avulla voit visualisoida ja analysoida useita proteiinirakenteita samanaikaisesti. Voit analysoida PDB-tiedoston sisältämän proteiinin rakenteen, DNA-rakenteen jne. PDB-tiedoston lisäksi sen avulla voit myös avata ja tarkastella MOL- ja MMCIF-tiedostoja.
Kun avaat PDB-tiedoston, käyttöliittymässä näkyy 3D-näkymä sekä ohjauspaneelin ikkuna. Ohjauspaneeli sisältää yleistietoja, luettelon ja tiedoston otsikon. Voit helposti siirtää rakennetta, kiertää sitä, lähentää/loitontaa jne.
Sen avulla voit myös näyttää tai piilottaa pistepinnan, pohjan, vetysidokset, voimavektorit ja paljon muuta mieltymystesi mukaan. Voit myös korostaa eri osia eri värimaljoilla rakenteen analysoimiseksi paremmin. Lisäksi voit käyttää näyttöominaisuuksia, kuten Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels ja paljon muuta.
Visualisointityökalujen lisäksi saat myös paljon molekyylimallinnusominaisuuksia. Lisäksi se sisältää myös energialaskelman, H-sidoslaskelman, verkkoalueen analyysin, domain-tunnistuksen, 3D-motiivin luomisen, kristallografisen symmetrian rakentamisen ja muita työkaluja.
Voit ladata sen osoitteesta Virallinen sivusto .
Lukea: Paras ilmainen tehoanalyysiohjelmisto Windows 11/10:lle.
C] QMol
Cumol on toinen ilmainen PDB-katseluohjelma Windows 11/10:lle. Se on makromolekyylirakenteen visualisointityökalu, jolla voit tarkastella PDB-tiedostoja. Muita tiedostoja, joita voit avata ja tarkastella siinä, ovat DX, MAP, MTZ, CNS jne.
Sen avulla voit vaihtaa perspektiivi- ja ortografisten näkymien välillä, kiertää mallia, zoomata sisään/loitontaa jne. Voit hahmontaa mallin käyttämällä POV-Rayä ja sen animaatiotapoja. Renderöity rakenne voidaan tallentaa PNG-muotoon. Saatavilla on myös mittaustyökalu, jolla voit mitata etäisyyden, kulman ja kierteen mallissa.
Löydät myös joitain lisätyökaluja proteiinirakenteen analysoimiseksi tarkemmin. Näitä työkaluja ovat mm Molekyylisuperpositio, Mol-pinnan leikkuri, Mol-pinnan generointi, Mol-sidoseditori, vuorovaikutusanalyysi, Mol-morfianimaatio, ja niin edelleen.
Se on hyvä ohjelmisto PDB-tiedostoissa olevan proteiinirakenteen visualisointiin ja analysointiin.
Katso: .LIT-vaihtoehto # Kuinka muuntaa LIT EPUB- tai MOBI-muotoon Windowsissa?
sähköpostin varmuuskopiointiohjelmisto
D] Molekyylit
Seuraava PDB-katseluohjelmisto tässä luettelossa on Molekel. Tämä on melko vanha, mutta tehokas molekyylivisualisointiohjelmisto, jonka avulla voit avata ja tarkastella PDB-tiedostoja. Löydät monia molekyylien visualisointi- ja analyysityökaluja, joiden avulla voit analysoida proteiinirakenteita.
Sen avulla voit mukauttaa molekyylien, atomien, sidosten, tähteiden jne. näyttöä. Voit valita kullekin niistä eri näyttötyypit, kuten Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Sylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape jne. Lisäksi voit säätää 3D-näkymän ominaisuuksia, näyttää/piilottaa rajauslaatikoita, käyttää varjostimia jne. Sen avulla voit tarkastella PDB-tiedostoa muuttamalla pinnan elektronitiheyttä rakennetta ja lisäämällä rakenteeseen liuottimelle käytettävissä oleva pinta.
voit löytää Animaatio siinä oleva toiminto, joka toistaa molekyylin rakenteen animaation. Siinä on myös erityinen 'Analyysi'-valikko sopivilla työkaluilla. Analyysityökalujen avulla voit määrittää rakenteen verkkotiedot, pyörimistiheyden, molekyylisähköstaattisen potentiaalin, emissiospektrin, etäisyyden, kulman ja paljon muuta.
Sen avulla voit myös muuntaa PDB-tiedostoja eri tiedostomuotoihin. Näitä muotoja ovat PDF, PS, EPS ja Image. Jos pidät, voit saada sen Tässä .
Lukea: Complete Anatomy App on arvokas lataus Windowsille. .
E] Rasmol
Voit myös käyttää RasMolia PDB-tiedostojen katseluun Windows 11/10:ssä. Se on ilmainen ja avoimen lähdekoodin ohjelmisto, jonka avulla voit visualisoida ja analysoida molekyylirakenteita. Se tukee myös muiden tiedostojen, kuten MOL, XYZ, CIF, MOPAC jne., avaamista ja katselua.
Sen avulla voit tarkastella rakennetta kehyksenä, loimena, tangoina, nauhoina, säikeinä jne. Voit myös korostaa rakenteen eri osia eri väreillä. Sen avulla voit myös näyttää tai piilottaa vetyatomeja, heteroatomeja, varjoja, tarroja jne. mieltymystesi mukaan. Voit myös mitata etäisyyttä, vääntöä, kulmaa ja muita rakenteen arvoja.
Tämä ohjelmisto on saatavilla Tässä .
Katso: Paras ilmainen 3D-ihmisen anatomiaohjelmisto Windowsille.
2] Kokeile ilmaista online-työkalua ATE-tiedostojen lukemiseen.
Voit myös käyttää ilmaista online-työkalua avataksesi ja tarkastellaksesi PDB-tiedostoja. Sinun tarvitsee vain avata verkkosivusto verkkoselaimella ja ladata PDB-tiedosto nähdäksesi sen. Tässä on joitain hyviä ilmaisia online PDB-katseluohjelmia, joita voit kokeilla:
- RCSB ATE
- Molsoft
A] RCSB ATE
Windows ei voinut käynnistää vianmäärityskäytäntöpalvelua
Voit käyttää tätä ilmaista online-työkalua nimeltä RCSB PDB visualisoidaksesi Protein Data Bank -tiedostoja. Sen avulla voit tuoda PDB-tiedoston ja sitten visualisoida ja analysoida sen molekyylirakennetta.
Löydät joitain visualisoinnin perusominaisuuksia, kuten zoomaus, kierto, edistyneen porttinäkymän vaihto, kameran nollaus, valintatilan vaihto jne. Sen avulla voit myös säätää joitain asetuksia tai ohjausasetuksia, kuten kameratilaa (perspektiivi tai ortografinen), taustaväriä, /vinossa. poista tukos, ota käyttöön/poista käytöstä sumu, leikkaus, sijainti jne.
Se tulee mukana Animoi toiminto. Tämän avulla voit automaattisesti kiertää proteiinirakennetta. Tällä voit säätää pyörimisnopeutta ja kulmaa. Saat myös omistetun Mittaus työkalu siinä. Tämän työkalun avulla voit selvittää useita arvoja, kuten etäisyyden, suunnan, kulman ja paljon muuta.
Näiden ominaisuuksien lisäksi saatavilla on useita muita käteviä työkaluja: rakennemotiivihaku, komponenttien lisääminen, animaatioiden vienti, geometrian vienti (STL, OBJ jne.) ja mallivienti.
Kaiken kaikkiaan tämä on todella hyvä ilmainen online PDB-katseluohjelma, jossa on upea valikoima visualisointityökaluja. Voit kokeilla Tässä .
B] Molsoft
Molsoft on toinen online-työkalu, jota voidaan käyttää ATE-rakenteiden visualisointiin. Tämä on yksinkertainen PDB-tiedostojen katseluohjelma, jossa on perusominaisuudet. Avaa ensin se Verkkosivusto ja napsauta kolmikaistaista valikkovaihtoehtoa. Valitse sen jälkeen Avaa-vaihtoehto tuodaksesi paikallisesti tallennettu PDB-tiedosto tai ladataksesi tiedoston Google Drivesta. Kun valitset tiedoston, se näyttää sinulle molekyylirakenteen katseluohjelmassa.
Voit käyttää erilaisia katselutiloja rakenteen visualisointiin. Näihin näkymiin kuuluvat rautalanka, kreatiinifosfokinaasi (CPK), pallo ja sauva, nauha ja paljon muuta. Voit helposti vaihtaa näiden katselutilojen välillä tarpeidesi mukaan. Lisäksi sen avulla voit ottaa käyttöön tai poistaa käytöstä atomimerkit, jäännösmerkit, vetysidokset ja kohdat rakenteen ymmärtämiseksi paremmin.
Se tarjoaa myös mittaustyökaluja. Voit mitata etäisyyttä, tasakulmaa ja kiertokulmaa mallissa. Lisäksi saatavilla on kätevä Color by function, jonka avulla voit värittää rakenteen atomityypin, ketjun, kohdistuksen, toisiorakenteen jne. mukaan.
Tämä on toinen hyvä online PDB-tiedostojen katseluohjelma, jota voit kokeilla ilmaiseksi.
Kuinka ladata PDB-tiedosto Protein Data Bankista?
Voit ladata PDB-tiedoston Protein Data Bankista vierailemalla Protein Data Bank -sivustolla, kirjoittamalla ja hakemalla proteiinin tai makromolekyylin nimen, kuten ihmisen hemoglobiinin, kitinaasin jne. Valitse sitten tiedosto hakutuloksista ja käytä latausvaihtoehtoa ladataksesi PDB-tiedoston. Niin yksinkertaista.
Kuinka tarkastella ATE-rakenteita?
ATE:n molekyylirakenteita voidaan tarkastella käyttämällä erityistä online-työkalua tai ohjelmistosovellusta. Voit kokeilla ilmaisia ohjelmistoja, kuten IQmol, Swiss-PdbViewer ja CueMol visualisoidaksesi ja analysoidaksesi PDB-rakenteita tietokoneellasi. Jos haluat käyttää online-työkalua, vaihtoehtoja on monia. Kokeile esimerkiksi verkkopalveluita, kuten RCSB PDB ja Molsoft. Nämä ovat ilmaisia online PDB-tiedostojen katseluohjelmia, jotka tarjoavat edistyneitä molekyylien visualisointi- ja analyysityökaluja.
Kuinka muuntaa PDB-tiedosto PDF-muotoon?
PDB-tiedoston muuntamiseen PDF-muotoon voit käyttää tätä ilmaista työpöytäsovellusta nimeltä Molekel. Se tarjoaa erityisen 'Tallenna PDF-muotoon' -vaihtoehdon, jonka avulla voit muuntaa PDB-tiedoston PDF-muotoon. Voit avata PDB-tiedoston ja muuntaa PDB:n PDF-muotoon napsauttamalla Tiedosto > Tallenna PDF-muotoon. Olemme keskustelleet tästä ohjelmistosta yksityiskohtaisesti tässä viestissä, tarkista se yllä.
Siinä kaikki.
Lue nyt: Paras ilmainen molekyylimallinnusohjelmisto Windowsille.
